Tesis. Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam, Pascasarjana IAIN Datuk Laksemana Bengkalis.Penelitian ini dilatarbelakangi oleh masih adanya kecenderungan dikotomi antara ilmu agama dan ilmu sains dalam praktik pendidikan yang menyebabkan pembelajaran sering kali berorientasi pada aspek kognitif semata dan kurang memperhatikan dimensi spiritual serta pembentukan karakter peserta didik. Padahal dalam perspektif Islam, seluruh ilmu pengetahuan bersumber dari Allah Swt. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis bentuk integrasi nilai-nilai Islam dalam pembelajaran sains, mendeskripsikan upaya guru dalam mengintegrasikan nilai-nilai Islam, mengidentifikasi faktor pendukung dan penghambat, serta menganalisis implementasi teori Integrasi-Interkoneksi M. Amin Abdullah dalam pembelajaran sains di SMA S BeQuranic Bengkalis. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif dengan teknik pengumpulan data berupa observasi, wawancara, dan dokumentasi. Teori utama yang digunakan adalah teori Integrasi-Interkoneksi M. Amin Abdullah yang menekankan keterhubungan antara Hadharah al-Nash (teks keagamaan), Hadharah al-'Ilm (ilmu pengetahuan), dan Hadharah al-Falsafah (nilai dan etika). Hasil penelitian menunjukkan bahwa integrasi nilai-nilai Islam dalam pembelajaran sains dilakukan melalui pengaitan materi sains dengan ayat-ayat Al-Qur’an dan hadis yang relevan, pembiasaan nilai-nilai Islam dalam proses pembelajaran, serta internalisasi karakter Islami melalui kegiatan akademik dan nonakademik. Faktor pendukung integrasi meliputi visi sekolah berbasis Al-Qur’an, program tahfizh, budaya religius sekolah, serta dukungan kepala sekolah dan yayasan. Adapun faktor penghambat meliputi keterbatasan referensi integrasi. Berdasarkan temuan penelitian, disarankan agar sekolah mengembangkan pedoman dan modul pembelajaran integratif yang lebih sistematis, meningkatkan pelatihan guru mengenai integrasi Islam dan sains, serta memperkuat kolaborasi antarbidang studi dalam mengembangkan pembelajaran yang integratif. Penelitian selanjutnya diharapkan dapat mengembangkan model integrasi Islam dan sains yang lebih spesifik serta menguji efektivitasnya terhadap hasil belajar dan pembentukan karakter peserta didik.